臺灣臺南地方檢察署於本（9）月12日依個人資料保護法第16條、第41條之公務機關非法利用個人資料及刑法第132條第1項之公務員洩漏國防以外秘密等罪嫌，將本局林姓調查官（114年7月17日依法停職）提起公訴，並經臺灣臺南地方法院於今（15）日裁定林員以新臺幣10萬元交保。
本局臺南市調查處林姓調查官因涉及不法，經本局主動立案發交中部地區機動工作站調查，並即報請臺灣臺南地方檢察署檢察官指揮偵辦，嗣於114年7月17日晚間經臺灣臺南地方法院裁定羈押禁見，本局即依法予以停職。本局再次重申，調查人員應廉潔自持，如有涉及不法，嚴予究責，絕不寬貸。
本局所屬人員劉ＯＯ，身為執法人員，竟涉入詐騙集團犯罪，違抗政府重大政令及損害國家司法威信，更戕害社會對本局執行職務之信賴，嚴重敗壞調查人員聲譽，經本局考績委員會於14日決議通過，並經局長核定，予以一次記二大過免職處分。
4月23日立法院司法及法制委員會會議，謝龍介委員及許宇甄委員就「調查局是否有專案獎金鼓勵查察罷免連署」及「是否召開視訊會議」一事，向本局局長進行質詢，本局說明如下：
有關本局新竹市調查站余調查官疑涉不法等案件，本局接獲案件進行調查後，旋主動報請臺灣臺北地方檢察署檢察官指揮偵辦。本局秉持主動釐清事實、勿枉勿縱、絕不護短之態度，全力配合檢察官執行各項偵查作為，並將於近期召開臨時考績委員會，從嚴議處。
近有媒體報導「調查局暗中蒐集市場資訊，羅列『黑神話：悟空』遊戲對臺統戰四部曲，並鎖定大批曾於網路直播玩該遊戲的網紅名單，加強反滲透查緝力度」。調查局職掌反制中共對臺統戰滲透、維護國家安全，注蒐中共透過多元管道、手法對臺滲透，或以經貿、文化包裝統戰作法；惟並無鎖定「黑神話：悟空」遊戲玩家或網紅，相關報導似有偏誤，特予澄清。
本局南部地區某單位人員疑涉工作費報銷不實案件，本局局長獲悉上情後，即指示交由南部地區機動工作站調查蒐證，並報請臺灣高雄地方檢察署檢察官指揮，於113年7月31日會同廉政署共同偵辦執行。本案本局將全力配合檢察官指揮，若經查確有不法情事，將視案情及依檢察官偵查結果，召開考績委員會從嚴議處，絕不姑息護短。
