本局鑑識科學處掌理化學、文書、物理、生物鑑識及科技支援等事項。下設五個科，分別為化學鑑識科、文書鑑識科、物理鑑識科、生物鑑識科及科技支援科，其中「濫用藥物實驗室」（化學鑑識科）、「DNA鑑識實驗室」（生物鑑識科）及「文書暨指紋鑑識實驗室」（文書鑑識科）等3個實驗室，分別於97年、98年及99年通過ISO/IEC 17025國際認證。茲依業務屬性不同，分述如下：
化學鑑識實驗室：
97年通過「濫用藥物實驗室」ISO/IEC 17025國際認證，係國內第一家通過ISO/IEC 17025實驗室品質認證之毒品檢驗實驗室。
本實驗室工作內容包括毒藥品證物鑑定、毒品製造工廠鑑定、毒品代謝物鑑定及一般化學鑑定等。平均每年受託鑑定約10,000案，處理檢品數約60,000件以上。
聯絡電話：(02)2911-2241轉分機3710，劉科長。
文書暨指紋鑑識實驗室：
99年通過 ISO/IEC 17025國際認證。
文書鑑識係運用專業知識、經驗與技術，對問題文件的真偽及疑點提供合理的解釋與判斷，以解決其來源與真實性之爭議。本實驗室主要工作內容包括：筆跡（簽名）鑑定、印文鑑定、印刷品鑑定、變造文件鑑定與指紋鑑定等。主要接受院檢及調查單位之囑託辦理涉案文書、指紋證物之鑑驗，平均每年受託鑑定約1,300案，處理檢品數約15,000件以上。
聯絡電話：(02)2911-2241轉分機3720，曹科長。
物理鑑識實驗室：
工作內容包括：聲紋鑑定、槍彈鑑定及測謊鑑定等。
聯絡電話：(02)2911-2241轉分機3730，蔡科長。
影像鑑識實驗室：
支援各級院、檢機關因偵審案件需要，囑託本局協助鑑定，包括數位影像強化解析處理，照片偽變造(合成)鑑定，人貌比對(是否同屬ㄧ人)等。
影像鑑定送驗注意事項：
聯絡電話：(02)2911-2241轉分機3730，蔡科長。
生物鑑識實驗室：
98年通過「DNA鑑識實驗室」ISO/IEC 17025國際認證，是國內刑事鑑識界最早成立的DNA鑑識實驗室，也是國內鑑識科學領域第一個通過認證的DNA實驗室。
本實驗室工作內容包括：生物跡證鑑定、血緣關係鑑定及保育類野生動物產製品鑑定，目前鑑定項目以生物檢體之DNA鑑定工作為主。
本實驗室為善盡職責、增進檢驗效率、減少人為誤差、並降低材料消耗及環境污染，隨時代科技之演進，陸續採購新式自動化DNA精密分析儀器，採用新式檢驗技術，並鼓勵同仁提出創新研究計畫，推動技術研發，改進工作方法，以解決困難案件、突破技術瓶頸為目標，致力提升鑑識技術水準，期望能夠滿足顧客的需要。
聯絡電話：(02)2911-2241轉分機3740，李科長。
為民服務：
本局為民服務工作主要內容包括：污(破)損新臺幣鈔券鑑定、及血緣關係鑑定等兩項。
本局設有資安鑑識實驗室，協助本局各外勤單位偵辦案件，進行電腦及相關數位證據之搜索、扣押、鑑識，以及協助法院、檢察署辦理扣押電腦數位證物之擷取、搜尋、檔案復原、驗證、分析工作，並提供鑑識報告。
本局「鑑定業務採取標準及鑑定人資格條件」
