98年通過「DNA鑑識實驗室」ISO/IEC 17025國際認證，是國內刑事鑑識界最早成立的DNA鑑識實驗室，也是國內鑑識科學領域第一個通過認證的DNA實驗室。
本實驗室前身為47年成立之法醫鑑識實驗室，接受各級法院及檢察署囑託辦理有關死因、生物性證物及親子血緣關係等檢鑑工作。79年起，因司法院為改建廳舍，收回本局借用臺北市重慶南路之解剖室，遂停止辦理死因鑑定業務，由當時之高等法院檢察署成立法醫中心（現為法務部法醫研究所）接辦，其他鑑定工作則隨時代之需要及生物科技之進步陸續增加。
本實驗室工作內容包括：生物跡證鑑定、血緣關係鑑定及保育類野生動物產製品鑑定，目前鑑定項目以生物檢體之DNA鑑定工作為主。
本實驗室為善盡職責、增進檢驗效率、減少人為誤差、並降低材料消耗及環境污染，隨時代科技之演進，陸續採購新式自動化DNA精密分析儀器，採用新式檢驗技術，並鼓勵同仁提出創新研究計畫，推動技術研發，改進工作方法，以解決困難案件、突破技術瓶頸為目標，致力提升鑑識技術水準，期望能夠滿足顧客的需要。
聯絡電話：(02)2911-2241轉分機3740，李科長。
刑事證物之檢體包括暴力犯罪或性侵害犯罪之物證如血跡、精液斑、煙蒂、毛髮、凶器、屍體、骨骸等，或吸毒案件之尿液，血跡或精斑須輔以血跡試驗或精斑試驗，其他證物亦分別以適當方法進行前處理試驗，經辨識確認後，即進行DNA抽提、PCR複製擴增反應等一系列之實驗步驟。由於送驗之檢體大都是腐敗或具有臭味的，甚至可能含有無法預知之毒性或傳染性，鑑定人員必需戴頭罩、口罩及手套操作，以保護自己與證物，並防止汙染。
本科為民眾提供自費申請血緣關係鑑定服務，自民國97 年7 月21日起，依新訂定之「法務部調查局辦理血緣關係鑑定案件收費標準（下稱本收費標準）」規定收費，亦受理法院囑託及各級政府權責機關委託辦理血緣關係鑑定。申請機關或民眾應先以電話、網路或書面方式預約受驗時間，受驗人須攜帶身分證、戶口名簿或護照等足資證明身分之證件正本，於排定之受驗時間親自到場。
血緣關係之案件類型如下：
• 親子關係鑑定
• 手足或半手足關係鑑定
• 祖孫關係鑑定
• 遠親關係鑑定（依個案判定鑑定可行性）
以區別率最高之20 個 STR核心點位進行STR基因型分析，依需要輔以粒線體DNA 序列分析法、Y STR與X STR基因型分析法，一等親血緣關係確認率可高達99.99%以上，其他親等確認率亦可達99%以上。
依上述收費標準規定，每一受驗人基本收費新臺幣7,000元，另為釐清非一親等血緣關係，視案情需要有必要增加輔助鑑定系統者，加收鑑定費用（依第7條第2款、第3款辦理）；領有政府核發之低收入戶證明文件，且經本局認定有申請鑑定之必要者，或權責機關依法協助之個案，經實際訪視、審查，認確有申請鑑定之必要，且財力無法負擔，而由權責機關書面提出申請者，免收鑑定費用（依第8條第1款、第2款辦理）。
調查局受理申請單位：鑑識科學處
聯絡電話：02-29112241 轉3796 或6158，傳真電話：02-29138599
電子信箱：6d41@mjib.gov.tw
本實驗室參與行政院生物多樣性推動方案，協辦關於動植物查驗技術之開發與檢驗工作。由於我國野生動物保護法及文化資產保存法對於保育類野生動物之獵捕、販售均訂有刑責，然而加工後及攙於中藥之動物製品均難從外形上加以判別，過去傳統運用電泳法、免疫試驗法及高效液相層析儀（HPLC）等分析蛋白質鑑別物種特徵的方法，因蛋白質受加熱後極易變性，難以用來鑑別動物產製品之種屬來源。近年來運用DNA 檢驗技術進行物種的鑑識，已能有效解決上述問題，使違反野生動物保護法案件，得以落實處罰而達嚇阻、懲戒之效。
本實驗室歷年來透過與行政院農業委員會林務局、臺灣特有生物研究保育中心、國立臺中自然科學博物館、台北市立木柵動物園、屏東科技大學動物收容中心等單位聯繫，獲得得各類野生動物、植物標準檢品，並自市面蒐集各類動物產製品，經檢驗分析建立粒線體DNA 細胞色素b 基因序列資料庫，以應用於保育類動物產製品及可疑進口食品、飼料等之鑑定比對工作，另亦將檢驗所得DNA 序列連線至美國國家生物資訊資料庫網站（NCBI），進行檢索比對，均能有效協助本實驗室判別鑑定各類動物種屬，讓犯罪者無所遁形。
解析：DNA係去氧核醣核酸（deoxyribonucleic acid）的簡稱，存在於細胞核內之染色體中，攜帶遺傳訊息。每個細胞核內之DNA序列含有30億個基本單位（由A、T、G、C四種氮鹼基組成），可控制生物體所需蛋白質之製造。由於人與人之間部分DNA序列及片段長度重複性不同，綜合各種DNA檢驗結果後，即能將人與人之間DNA結構差異之處區分出來，依現有DNA鑑定技術方法推估，世界上除同卵裂生之雙胞胎外，沒有任何兩人的DNA序列是一致的，因為具有遺傳特性，可以運用於親屬血緣關係鑑定或生物跡證物之比對驗證。
解析：將含生物細胞之檢體（如動物之血液、體分泌液、表皮黏膜細胞、器官組織、骨骼及毛髮等，植物之根、莖、葉、花、果實及種子等）其中之DNA成分抽取出來，施以生化技術複製其特定區段的DNA分子結構及各種分析方法，紀錄各DNA鑑定方法呈現之基因型態特性，並加以比較分析，即為DNA鑑定。
目前本局採用之人類DNA鑑定分析系統包括體染色體DNA STR基因型別分析法、粒線體mtDNA序列分析法、性染色體X STR及Y STR基因型別分析法及序列單核?酸差異多態性（SNP）分析法等，合併鑑別率可以高達99.999999％以上。受理案件類型包括：司法警察機關為偵辦刑事案件委驗比對各種生物跡證物、各級檢察署偵查、法院審理司法訴訟案件證據之囑託鑑定，各級政府機關因主管業務之需要委驗、民眾因民事血緣關係訴訟或親緣身分確認之需要申請鑑定等，另亦參與或協助國內大型災難事件之鑑驗工作。
解析：DNA存在於人體各部位組織中，較常採用之檢體為血液、口腔黏膜、分泌物、尿液、毛髮等，同屬ㄧ人之各部位組織檢體檢出之DNA基因型別均相同，所以其鑑定效用均相同。
解析：DNA係生物有機體之分子結構，容易受陽光、細菌分解腐敗、高溫環境之破壞，如果無法從檢體中抽取出完整有效結構的DNA成分，就無法檢出DNA基因型進行分析比對，故DNA鑑定結果受制約於檢體之新鮮程度，只要檢體未達完全破壞或腐敗之程度，即可能成功進行DNA鑑定。
解析：該類證物暴露於室外，經長時間日曬雨淋後，由於原含少量細胞DNA受到紫外線破壞、雨水沖失或水分與細菌之腐敗，致DNA存量極少或完全損壞，會嚴重影響鑑定之結果。
解析：尿液易受保存因素如溫度、濕度及封口緊密程度影響，且鮮度隨時間遞延降低，可否檢出DNA，視採尿與受驗個案情況有別，故有無檢驗結果需驗後才知。實務上，正常採尿狀況，密封後置於室溫下存放，以體染色體DNA STR鑑定系統分析，超過3週以上之尿液，檢出成功率幾乎為0；惟若進行粒線體DNA序列分析，存放6個月仍有極高之檢出成功率（約80％以上），隨時間愈久檢出率遞減。本局對於尿液等高腐敗證物類檢體，目前主要運用人類粒線體DNA序列分析法鑑定，由於同母系血緣遺傳粒線體DNA特徵均相同，其人別鑑別力稍差。
解析：火葬（經焚化爐）後之屍骨，因所有含有機體之DNA分子結構均已遭高溫破壞，故無法得到任何DNA檢驗結果；惟火場尋獲之罹難焦屍，因身軀深層仍有未遭焚燬之組織存在，故極有可能驗出DNA。
解析：一般而言，年代久遠之先人遺骨，由於DNA成分長時間受到細菌腐敗完全分解，實務上，能被檢出體染色體DNA之機率極低，除非先人遺骸曾經特殊防腐處理、或保存在極乾燥之環境，致屍體呈木乃伊化，有可能檢出部分DNA型別。
解析：遭污染的生物檢體容易呈現一個個體以上的DNA混合型，因此要從該檢體判別區分每一個體來源的基因型較為困難，甚至有誤判的風險，除非有已知的對照組檢體一起進行檢驗比對，有可能加以區別鑑定該生物檢體的來源。一般而言，若獲知檢體有遭人為加工汙染之情、或送驗檢體包裝不良有污染之虞，本局將視情況退件。
解析：血跡如未經稀釋且於乾燥環境下保存並未腐敗，可以驗出DNA型別。但如經水洗稀釋或於潮濕高溫環境保存致已腐敗變質，則檢出成功率不高。
解析：利用DNA鑑定的多型別分析系統，所得到的基因型組合資料較傳統之血液型為多，且DNA各基因型於人口中之分布較廣且重複出現頻率較低；以血型ABO系統一項為例，A型在台灣人口中約25％，其重複率出現約為0.25，如僅以此一項ABO血型系統資料，欲確認某一對象涉案，其鑑別率極低（約25％），必須增加許多血液型系統檢驗項目（約6-8項）才能將案件鑑別率提高達99.9％以上；證物與涉嫌人如以DNA STR （CODIS 15型）一項鑑定系統檢驗比對相符，則計算該檢出證物之DNA於人口中重複出現相同組合基因型之機率保守約為百億分之一，亦即確認涉嫌人之機率高達99.99％以上。
解析：人類體染色體DNA STR（短片段重複序列）基因型別鑑定系統是目前刑事鑑識及親緣關係鑑定案件中最常用之鑑別方法，也包括X STR及Y STR基因型別分析（它們是分別專注在46個體染色體中之X及Y兩個性別染色體上的DNA基因型檢驗），分析原理與方法均相同。
DNA STR基因型別鑑定系統具備下述優點：
解析：體染色體DNA STR基因型別鑑定系統（包含X STR及Y STR鑑定系統），係藉由經過特別設計的商業化複合式檢驗試劑套組，分別專注在46個體染色體DNA中多套特定染色體及性別染色體上存在的微衛星體縱列重覆性DNA短片段(short tandem repeats [STR] )序列進行基因型檢驗分析。
本局常用的商業化DNA STR基因型別鑑定系統試劑套組有PowerPlex 21 (20型＋性別)、IdentiFiler (15型＋性別)、IdentiFiler Plus(15型＋性別)、針對Y染色體的YFiler(17型)、PowerPlex Y23 (23型)及針對X染色體的 Investigator Argus X-12(12型)等，此外尚有部分為本局自行設計的複合式試劑套組，作為輔助強化案件鑑別率之用途。
解析：人類細胞核中的二套性染色體在男性為XY，在女性為XX，不論男性（XY）或女性（XX）均有一套性染色體X(亦稱為X染色體)遺傳自母親XX的其中一套，女性的另一套X染色體則遺傳自父親。因此同父之姊妹擁有同一套遺傳自父親的X染色體；孫女的其中一套X染色體型別（遺傳自父親、父親遺傳自內祖母）與內祖母的其中一套X染色體相同；外孫（男或女）的X染色體（遺傳自母親、母親遺傳自外祖父母）被包含於外祖父母的X染色體型別中。透過X染色體的多項型別分析--性染色體 X STR 型別分析法，再搭配體染色體DNA STR型別檢驗，我們可鑑定特殊血緣案件如同父(已歿)所生之姊妹，內祖母與孫女，外祖父母認外孫等血緣關係。
本實驗室採用QIAGEN公司之Investigator Argus X-12套件檢驗之性染色體 X STR 型別包含DXS10103、DXS8378、DXS7132、DXS10134、DXS10074、DXS10101、DXS10135、DXS7423、DXS10146、DXS10079、HPRTB及DXS10148等12項。檢驗型別均以數字代表，依孟德爾遺傳法則，可推導出上述特殊之X染色體遺傳關係，若依每一項型別之人口統計基因頻率換算出關係指數，再合併計算手足關係指數(CSI)、半手足關係指數(CHSI)或外祖孫關係指數(CGI)，能有效提高確認率至99%以上。
解析：性染色體Y(亦稱為Ｙ染色體)為男性專有單套體之DNA組成結構，在人類生殖過程中，Ｙ染色體由父親直接遺傳給兒子，其遺傳因子不與母親之遺傳因子重組，因此同一父親所生之兒子間，在無發生突變狀況下，均具有相同之型別，推而廣之，同一父系血緣之旁系血親男性子嗣間，或祖孫之間均具有相同之性染色體Y DNA型別，而不同父系所生的男性則不具有相同之型別，故可以根據此種特性來判別血緣關係。
Y染色體上有許多基因座存在一種微衛星體重覆性DNA短片段(short tandem repeats [STR] )，其重覆性片段一般均為2-7個鹼基長度，而重複次數於非同一父系男性族群間有所不同。應用之範圍包括：兩岸依親案件、叔姪間同父系來源之血緣關係(親等由主事者另參相關文件綜合判斷)、父親已亡故之同父異母兄弟繼承系爭案件、私生子或遺腹子之認祖歸宗、性侵案件精液斑之鑑定。這些不易以體染色體DNA STR型別分析法判別解決的，可以利用性染色體Y STR型別分析加以補強，對於性侵害犯罪及非一親等血緣關係案件之鑑定有很大助益。
目前本實驗室檢驗之項目共計有DYS19、DYS385a/b、DYS389 I、DYS389 II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、DYS456、DYS458、DYS635、Y_GATA_H4等17項，當互相間之對應型別均相同時，則可以研判兩者有可能(99%)源自同一父系。至於究係親兄弟、同父異母兄弟、堂兄弟或叔姪等關係則無法直接由性染色體Y STR型別之檢驗結果判定，必需參酌其他DNA鑑定系統之結果或其他相關文件綜合判斷。本實驗室持續累積建立上述17項型別之人口Y染色體單倍體基因庫（1500筆以上），若將受驗檢體與人口Y染色體基因庫比對，可求得該單倍體型別之出現頻率，換算成血緣關係指數後，再與染色體DNA STR基因型別鑑定系統合併計算手足關係指數(CSI)、半手足關係指數(CHSI)或外祖孫關係指數(CGI)，可有效提高親緣關係確認率至99%以上。
解析：人類粒線體DNA序列係以1981年英國醫學研究委員會分子生物實驗室的安德生(Anderson氏)等人發表之序列為藍本，稱之為CRS(Cambridge Reference Sequence)，1999年Andrews等人陸續修訂該序列後，稱之為rCRS(revised Cambridge Reference Sequence)。
由於細胞核內的染色體DNA呈線性結構且僅具雙套之基因數，極易遭受細菌、酵素或其他外在環境因素破壞，因此對於高度腐敗檢體，其DNA STR型別通常不易完整檢出，甚至均未檢出。而細胞核外之粒線體DNA，由於呈環狀結構較不易遭破壞且具有數千至數萬個分子數，其數量優勢有利於高度腐敗檢體之檢出。另由於粒線體DNA係從母親遺傳而來，任何有母系血緣關係之親屬(母與子女、外祖母與外孫子女、同母之兄弟姊妹、同外祖母之表兄弟姊妹或姨舅與甥子女)，均有相同之序列結構。本項技術運用範圍包括：具母系遺傳之旁系、隔代血緣關係比對；陳舊無名遺骸或吸毒案件之尿液等高度腐敗檢體之比對。
解析：人類細胞核中的染色體共計有46套（23對）兩兩成對的雙螺旋結構DNA分子鏈，又稱為體染色體DNA，體染色體DNA中的每一套，都存在許多的基因及遺傳密碼，其中一對（2套）為性染色體，在男性為XY，在女性為XX，不論男性（XY）或女性（XX）均有一套性染色體X(亦稱為X染色體)遺傳自母親XX的其中一套，女性的另一套X染色體則遺傳自父親，至於男性的Y染色體則僅來自父親。其餘的22對（44套）染色體DNA，每對染色體DNA中有分別來自父親與母親的一套基因，亦即是由兩個單套染色體重組形成雙套體的基因型態，因此每個人有一個基因型來自父親，另一個基因型來自母親。
依據上述遺傳原理，鑑定報告會將相同鑑定系統之檢驗結果以記錄表列的方式呈現，針對每ㄧ項基因座，比對子女與待證父或母之相對應項目的基因型，據以發現是否符合遺傳法則，如果有二項以上基因型矛盾，即可排除其相互間有親子血緣關係；如果均無矛盾，則計算其彼此間之親子血緣關係指數（CPI）值，依據ISO親緣DNA鑑定實驗室認證技術規範，該值需大於10,000，即可判為99.99％以上機率無法排除有親子血緣關係。至於其他親屬關係之研判，除計算其彼此間之DNA STR系統血緣關係指數，另需輔以加做X STR、Y STR基因分析或粒線體DNA序列分析法比對，以確定判明遺傳關係相符合，最後將前面計算的STR系統血緣關係指數合併加做的項目，計算其累積之血緣關係指數，該值若能達到1,000以上，則可認為彼此間有可能（99.9％）存在所宣稱之親屬血緣關係。至於受驗證物檢體與已知標準品之比對，若鑑定系統所有檢出項目的基因型均相同，計算其隨機重複率小於2×10-11以下時，則可以研判99.9％機率來自同一人；若有二項以上基因型不符時，則判為不同人所有。
解析：目前國際文獻均採用rCRS作為人類粒線體DNA參考序列，共有16,568個氮鹼基對(簡稱bps)長度。其中包含了兩個高變異小區，即HV1與HV2區，二者各約有400 bps的長度，分析對照找出受驗檢品與rCRS序列氮鹼基差異之處，而以數字標出位置及氮鹼基符號，再比對各受驗人序列差異位置之氮鹼基符號是否相同，以判別相互間有無母系遺傳關係或檢品是否源自同一人。例如rCRS位置73之氮鹼基符號為A，某個檢品此位置氮鹼基符號為G，則紀錄為73G；位置315.1之”.1”表示檢品之位置315比rCRS多一個氮鹼基(通常為C)，該檢品則紀錄為315.1C，相對應之rCRS因無該氮鹼基故以“－”表示之，rCRS於位置249為氮鹼基A，某檢品若缺少此氮鹼基，此時記錄為249del；為求序列檢驗結果表達方式之簡化，若檢品與rCRS參考序列相同位置之氮鹼基符號相同，則報告中均不予列出。
解析：根據統計，人類的每個基因點位發生突變機率約為1/1,000，因此若比對體染色體DNA STR 15個點位發現一個基因點位矛盾，有可能是因為基因突變所致。本局大約在100件確認親子關係案例中，會遇到一件此種一個點位矛盾的情形,進一步檢驗更多的基因點位，可以確知該矛盾點位是否因為基因突變所導致。若有更多的矛盾點位出現，則判定沒有親子關係；若未再發現點位矛盾的情形，且計算綜合親子關係指數換算機率達99.99%以上，即可判定親子關係。
解析：物種來源不符合、DNA不存在、檢出DNA但找不到涉嫌人、DNA比對符合但證物與犯罪事件無關聯，上述情況均屬案件之DNA鑑定盲點。
