98年通過「DNA鑑識實驗室」ISO/IEC 17025國際認證，是國內刑事鑑識界最早成立的DNA鑑識實驗室，也是國內鑑識科學領域第一個通過認證的DNA實驗室。
本實驗室前身為47年成立之法醫鑑識實驗室，接受各級法院及檢察署囑託辦理有關死因、生物性證物及親子血緣關係等檢鑑工作。79年起，因司法院為改建廳舍，收回本局借用臺北市重慶南路之解剖室，遂停止辦理死因鑑定業務，由當時之高等法院檢察署成立法醫中心（現為法務部法醫研究所）接辦，其他鑑定工作則隨時代之需要及生物科技之進步陸續增加。
本實驗室工作內容包括：生物跡證鑑定、血緣關係鑑定及保育類野生動物產製品鑑定，目前鑑定項目以生物檢體之DNA鑑定工作為主。
聯絡電話：(02)2911-2241轉分機3740，李科長。
本實驗室為善盡職責、增進檢驗效率、減少人為誤差、並降低材料消耗及環境污染，隨時代科技之演進，陸續採購新式自動化DNA精密分析儀器，採用新式檢驗技術，並鼓勵同仁提出創新研究計畫，推動技術研發，改進工作方法，以解決困難案件、突破技術瓶頸為目標，致力提升鑑識技術水準，期望能夠滿足顧客的需要。
刑事證物之檢體包括暴力犯罪或性侵害犯罪之物證如血跡、精液斑、煙蒂、毛髮、凶器、屍體、骨骸等，或吸毒案件之尿液，血跡或精斑須輔以血跡試驗或精斑試驗，其他證物亦分別以適當方法進行前處理試驗，經辨識確認後，即進行DNA抽提、PCR複製擴增反應等一系列之實驗步驟。由於送驗之檢體大都是腐敗或具有臭味的，甚至可能含有無法預知之毒性或傳染性，鑑定人員必需戴頭罩、口罩及手套操作，以保護自己與證物，並防止汙染。
本科為民眾提供自費申請血緣關係鑑定服務，自民國97 年7 月21日起，依新訂定之「法務部調查局辦理血緣關係鑑定案件收費標準（下稱本收費標準）」規定收費，亦受理法院囑託及各級政府權責機關委託辦理血緣關係鑑定。申請機關或民眾應先以電話、網路或書面方式預約受驗時間，受驗人須攜帶身分證、戶口名簿或護照等足資證明身分之證件正本，於排定之受驗時間親自到場。
血緣關係之案件類型如下：
• 親子關係鑑定
• 手足或半手足關係鑑定
• 祖孫關係鑑定
• 遠親關係鑑定（依個案判定鑑定可行性）
以區別率最高之20 個 STR核心點位進行STR基因型分析，依需要輔以粒線體DNA 序列分析法、Y STR與X STR基因型分析法，一等親血緣關係確認率可高達99.99%以上，其他親等確認率亦可達99%以上。
依上述收費標準規定，每一受驗人基本收費新臺幣7,000元，另為釐清非一親等血緣關係，視案情需要有必要增加輔助鑑定系統者，加收鑑定費用（依第7條第2款、第3款辦理）；領有政府核發之低收入戶證明文件，且經本局認定有申請鑑定之必要者，或權責機關依法協助之個案，經實際訪視、審查，認確有申請鑑定之必要，且財力無法負擔，而由權責機關書面提出申請者，免收鑑定費用（依第8條第1款、第2款辦理）。
調查局受理申請單位：鑑識科學處
聯絡電話：02-29112241 轉3796 或6158，傳真電話：02-29138599
電子信箱：6d41@mjib.gov.tw
本實驗室參與行政院生物多樣性推動方案，協辦關於動植物查驗技術之開發與檢驗工作。由於我國野生動物保護法及文化資產保存法對於保育類野生動物之獵捕、販售均訂有刑責，然而加工後及攙於中藥之動物製品均難從外形上加以判別，過去傳統運用電泳法、免疫試驗法及高效液相層析儀（HPLC）等分析蛋白質鑑別物種特徵的方法，因蛋白質受加熱後極易變性，難以用來鑑別動物產製品之種屬來源。近年來運用DNA 檢驗技術進行物種的鑑識，已能有效解決上述問題，使違反野生動物保護法案件，得以落實處罰而達嚇阻、懲戒之效。
本實驗室歷年來透過與行政院農業委員會林務局、臺灣特有生物研究保育中心、國立臺中自然科學博物館、台北市立木柵動物園、屏東科技大學動物收容中心等單位聯繫，獲得得各類野生動物、植物標準檢品，並自市面蒐集各類動物產製品，經檢驗分析建立粒線體DNA 細胞色素b 基因序列資料庫，以應用於保育類動物產製品及可疑進口食品、飼料等之鑑定比對工作，另亦將檢驗所得DNA 序列連線至美國國家生物資訊資料庫網站（NCBI），進行檢索比對，均能有效協助本實驗室判別鑑定各類動物種屬，讓犯罪者無所遁形。
